尽管益生菌有着明确的定义，但是在食品和膳食补充剂中，益生菌一词却常常被误用和滥用。那么，究竟符合什么样标准的微生物才能够允许产品声明添加了“益生菌”呢？
消费者对通过食物和膳食补充剂维持健康的兴趣日益浓厚。使用循证学方法来改善饮食和生活方式成为了一种持续增长的趋势。这产生了一个更加多样化的食品和补充剂市场，特别是那些含有益生菌的食品和补充剂。
2018年，国际益生菌和益生元科学协会（ISAPP）在一份立场声明中重申：益生菌必须“有明确的含量，在货架期结束前有适当的活性计数和对健康有益的适当证据”，并进一步指出，所有益生菌必须保证“对其预期使用是安全的”。
条件1 益生菌需要被充分表征
鉴定技术可能会因生物体的不同而有所差异，目前，使用可靠的参考序列，对 16S rDNA 的测序是一种众所周知的可靠的鉴定物种的方法。
最近的研究证实，某些健康影响的现有证据与特定益生菌菌株密切相关（McFarland 和 Evans，2018 年；van den Akker 等人，2018 年）。在某些情况下，健康益处可能并不局限于特定的菌株，但是，即使是由共同特征介导的健康益处，也必须在菌株水平上鉴定益生菌。
条件2 益生菌需要可以被安全使用
大多数市售益生菌菌株多属于乳酸菌、双歧杆菌和酵母，它们被认为可安全用于食品和补充剂。这是因为无论作为益生菌，还是作为发酵剂，它们属于具有安全使用历史记录的属和种。
目前，国家已批准用于食品、保健品的菌种目录，目录范围还在不断增加中。
条件3 至少有一项人类临床试验的支持
自 2001 年以来（FAO/WHO，2002），赋予宿主健康益处的能力一直是益生菌定义的基本组成部分，并在 2014 年得到了重申（Hill 等，2014）。所谓健康益处，是指使用益生菌对人的健康产生一定的积极影响。此措辞是开放的，允许在探索可能的健康终点时进行创新。
条件4 产品在整个货架期内保持有效剂量
虽然前面描述的三个标准专门针对被视为益生菌的微生物菌株，但第四条标准适用于提供益生菌的产品。
益生菌的定义没有提及特定的剂量，而是指出应以足以对宿主产生健康益处的量施用益生菌。
因此，可以想象的是，鉴于益生菌是能够在宿主内自我复制的活微生物，随着时间的推移，如果益生菌在宿主内生长充分，几个益生菌细胞就足以产生有益的效果。
菌株必须使用公认的科学方法进行鉴定，根据当前有效的命名法命名，并使用可检索的菌株名称命名。方法将取决于益生菌的种类，并且可能会随着技术的发展而改变。
此外，该菌株必须已证明其预期用途的安全性，并至少拥有基于一项符合公认的科学标准或符合当地/国家主管部门的建议和规定（如果适用）的研究，证明其具有健康益处。
在整个保质期内，产品都必须包含足够量的益生菌菌株，以便能够提供所声称的（和基于证据的）健康益处。
