将益生菌加入食物基质时，应关注九个挑战。它们是：1. 菌株选择、2. 菌株生产、3. 如何接种到食品中、4. 如何在加工过程中保证存活、5. 如何避免储存过程中的活力损失、6. 如何计算在食物中的【益生菌】菌落数、7. 对食品感官特性的影响、8. 在消费者家中【保存产品的】稳定性，9. 以及在 胃肠道中发挥作用。

       具体而言，在果汁中，有机酸通常使产品的pH值低于4，这将抑制益生菌的生存。在选择上，那些耐受低pH值的益生菌应被考虑，如乳酸杆菌则优于双歧杆菌。